Как выбрать правильный набор для выделения ДНК?

Если вы планируете эксперимент по работе с очищенной ДНК, скорее всего, вы будете использовать коммерческий набор для ее выделения. Сегодня на рынке представлено огромное количество различных типов данной продукции и выбор лучшего для использования с новым типом образцов может стать серьезной проблемой. В этой статье мы рассмотрим некоторые идеи, которые помогут при выборе набора для выделения ДНК для вашей лаборатории.

Какие компоненты входят в набор?

Наборы для выделения ДНК выполняют следующие основные этапы: лизис, очистка на колонке, вымывание примесей и удаление из колонки. Тем не менее, они сильно различаются по типу выполнения каждого шага процесса. Существуют разные наборы для разных источников нуклеиновых кислот, таких как клеточные культуры, выращенные в лаборатории, клинические образцы, образцы почвы и даже отпечатки пальцев. Многие наборы были разработаны для специальных применений. Например, гуминовые кислоты в почве или гемоглобин в крови могут загрязнять очищенную ДНК и приводить к ошибкам в последующих экспериментах, таких как ПЦР? К счастью, существуют наборы, которые удаляют эти компоненты перед стадией очистки.

Геномная и плазмидная ДНК

Вообще говоря, выделение плазмидной ДНК процесс более простой, чем выделение геномной. Это связано с тем, что стадия лизиса при нацеливании на плазмидную ДНК требует, чтобы хромосомная ДНК оставалась связанной с клеточной белковой фракцией для предотвращения ее загрязнения в конечном образце. Наборы существуют для обоих типов восстановления нуклеиновых кислот. Также существуют продукты, которые могут очищать как геномную ДНК, так и общую РНК.

Клеточная линия или организм

Наиболее важным фактором при выборе набора для извлечения ДНК является организм, с которым вы работаете.

Бактерии. Доступно множество наборов с различными компонентами для выделения бактериальной ДНК. Основное различие между этими наборами заключается в том, как клетки лизируются, так как некоторые бактерии более трудны для взлома, чем другие. Например, бактерии, которые образуют биопленки, могут требовать более интенсивных методов лизиса, чем традиционный метод на основе моющих средств.

Ткани животного происхождения. Наборы, предназначенные для выделения ДНК из тканей животных, часто имеют более мягкие методы лизиса, поскольку большинство клеток животных не имеют клеточной стенки, как бактериальные. Однако проблема выделения ДНК из тканей часто заключается в выборе подходящего метода гомогенизации ткани. Кроме того, многие наборы не используют экстракцию фенолом/хлороформом или этанолом для стадии осаждения, чтобы уменьшить риск повреждения ДНК.

Растения. Когда дело доходит до выделения ДНК растительных образцов, необходимо принять во внимание несколько других соображений. Растения часто содержат сахара, которые не отделяются во время стадии очистки, поэтому часто используются моющие средства, которые избирательно связываются с ДНК и выпадают в осадок из раствора, с последующим растворением детергента в высококонцентрированном солевом растворе и последующей экстракцией.

Кровь. Благодаря множеству последних достижений в области технологий, существует несколько методов лизиса и методик экстракции, используемых в комплектах изоляции ДНК крови на выбор. То, что вы будете делать с выделенной из крови ДНК, будет в значительной степени определять тип лизиса и экстракции, которые вы используете. Независимо от применения, обязательно выберите набор, который обеспечит чистую, неповрежденную, двухцепочечную и концентрированную ДНК для достижения наилучших результатов.

Сколько ДНК вам нужно?

Большинство компаний, которые продают наборы для выделения ДНК, предлагают продукты со схожими компонентами, которые можно масштабировать в зависимости от объема пробы. Вот краткое изложение рекомендуемого объема образца:

• Miniprep: менее 15 мл
• Midiprep: 15-25 мл
• Maxiprep: 100-200 мл
• Megaprep: 500-2,500 мл
• Gigaprep: 2.5-5 л

Для специализированных применений выбор может быть меньше, когда речь идет о количестве обрабатываемой культуры или образца ткани. Не имеет смысла использовать минипрепараты когда вы обрабатываете более 50 образцов одновременно. В этом случае стоит рассмотреть высокопроизводительные наборы для экстракции ДНК, которые можно запускать в 96-луночном формате, когда ДНК из многих образцов должна обрабатываться одновременно! Также, у каждого производителя существуют наборы для станций автоматического выделения нуклеиновых кислот.

Общее во всех наборах для выделения ДНК в том, что используемый вами продукт должен давать чистую и концентрированную ДНК. Вам следует периодически оценивать количество и качество экстрактов нуклеиновых кислот, чтобы убедиться, что выбранный вами набор хорошо подходит для вашего применения. Если вы используете определенный метод или набор, обязательно ознакомьтесь с многочисленными статьями по устранению проблем, связанных с выделением ДНК или обратитесь напрямую к производителю для решения возникающих вопросов по применению и использованию.

По материалам сайта www.laboratorii.com