Секвенатор GS FLX

• Описание
• Характеристики
• Поставщики

В настоящее время все более актуальными становятся исследования, связанные с полногеномным секвенированием de novo еще не охарактеризованных геномов, с ресеквенированием охарактеризованных геномов с целью поиска различных генетических вариаций, с эпигенетическими исследованиями, исследованиями метагеномов и транскриптомов. Эти области исследований подразумевают использование высокопроизводительных платформ секвенирования.
Для решения задач геномики, транскриптомики, метагеномики и в клинической практике, где необходимы точные данные о последовательности ДНК или РНК возможно применение методов геномного секвенирования нового поколения (NGS). Компания Roche представила систему GS FLX, разработанную на основе технологии пирофосфатного секвенирования 454 Life Sciences. Этот геномный секвенатор является уникальной высокопроизводительной автоматической системой для параллельного анализа более миллиона фрагментов, при средней длине анализируемого фрагмента в 800 нуклеотидов. Эта система является признанным стандартом при секвенировании de novo, частичном или полном ресеквенировании геномов, метагеномном анализе, исследованиях транскриптомов, при решении задач сравнительной геномики и многих других. Основным отличием от других платформ секвенирования является возможность быстро получать последовательность длинных фрагментов, что позволяет проводить последующий биоинформатический анализ в автоматическом режиме без использования сложной и дорогостоящей компьютерной инфраструктуры.
Области применения
- секвенирование de novo
- геномика
- метагеномика
- транскриптомика
- полногеномный мутационный скрининг (SNP, перестройки)
- количественный анализ представленных последовательностей
- ресеквенирование (частичное или полное)
Особенности:
- характеристики системы (длина прочтения и количество фрагментов) зависят только от расходных материалов (набора реагентов и планшетов), т.е. с улучшением свойств реагентов улучшаются и характеристики системы.
- при средней длине чтения каждого фрагмента в 400-800 нуклеотидов нет необходимости генерировать избыточную информацию с многократным перекрыванием последовательности (например, при секвенировании de novo достаточно всего 20-ти кратного перекрывания).
- возможность точной количественной оценки представленных последовательностей позволяет выявлять редкие фрагменты (например, при анализе последовательностей РНК с низким уровнем транскрипции или при количественном анализе аллельных вариантов РНК при транскриптомном исследовании).
- длительность одного рабочего цикла составляет всего 9 часов для анализа более 1.3 млн. фрагментов.
- возможность одновременного секвенирования до 192 образцов.
- точность определения полной последовательности составляет 99.9%.
Программное обеспечение имеет опции для:
- сборки последовательности de novo
- сборки (картирования) полученных последовательностей относительно референсной последовательности
- выявления генетических вариаций в полученных последовательностях относительно референсной последовательности