Секвенатор GS Junior

• Описание
• Характеристики
• Поставщики

В настоящее время все более актуальными становятся исследования, связанные с полногеномным секвенированием de novo еще не охарактеризованных геномов, с ресеквенированием охарактеризованных геномов с целью поиска различных генетических вариаций, с эпигенетическими исследованиями, исследованиями метагеномов и транскриптомов. Эти области исследований подразумевают использование высокопроизводительных платформ секвенирования.
Для решения задач геномики, транскриптомики, метагеномики и в клинической практике, где необходимы точные данные о последовательности ДНК или РНК возможно применение методов геномного секвенирования нового поколения (NGS). Компания Roche представила систему GS Junior, разработанную на основе технологии пирофосфатного секвенирования 454 Life Sciences. Этот компактный геномный секвенатор является уникальной автоматической системой для параллельного анализа более ста тысяч фрагментов, при средней длине анализируемого фрагмента в 400 нуклеотидов. Эта система является новым стандартом при секвенировании не больших геномов de novo, частичном или локальном ресеквенировании, метагеномном анализе, исследованиях транскриптомов, при решении задач сравнительной метагеномики и многих других. Основным отличием от других платформ секвенирования является возможность быстро получать последовательность длинных фрагментов, что позволяет проводить последующий биоинформатический анализ в автоматическом режиме без использования сложной и дорогостоящей компьютерной инфраструктуры.
Области применения:
- секвенирование не больших геномов de novo
- геномика бактерий и вирусов
- метагеномика
- транскриптомика
- полногеномный мутационный скрининг (SNP, перестройки)
- количественный анализ представленных последовательностей
- ресеквенирование (частичное или локальое)
Особенности:
- характеристики системы (длина прочтения) зависят только от расходных материалов (набора реагентов), т.е. с улучшением свойств реагентов улучшаются и характеристики системы.
- при средней длине чтения каждого фрагмента в 400 нуклеотидов нет необходимости генерировать избыточную информацию с многократным перекрыванием последовательности (например, при ресеквенировании достаточно всего 8-ти кратного перекрывания).
- возможность точной количественной оценки представленных последовательностей позволяет выявлять соотношение фрагментов генома (например, при количественном анализе аллельных вариантов РНК при транскриптомном исследовании или количественном анализе вирусной/бактериальной нагрузки несколькими субтипами или штаммами).
- длительность одного рабочего цикла (включая обработку данных) составляет менее 12 часов для анализа более 100.000 фрагментов.
- возможность одновременного секвенирования образцов с мультиплексными идентификаторами.
- точность определения полной последовательности составляет 99.9%.
Программное обеспечение имеет опции для:
- сборки последовательности de novo
- сборки (картирования) полученных последовательностей относительно референсной последовательности
- выявления генетических вариаций в полученных последовательностях относительно референсной последовательности